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業者如要申請進駐示範區或成為示範事業，依據實體園區與指定試點兩種推動方式的不同，相關資訊分述如次：
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一、
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成為實體園區之示範事業
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在「自由經濟示範區特別條例」通過前的示範區第一階段，第一波公布區位包括六海一空自由貿易港區及屏東農業生技園區，業者如要進駐成為此類實體園區之示範事業，須先依各該港區或園區既有規定申請進駐，通過審核獲准進駐成為港區事業或園區事業後，即自動成為示範區的示範事業，無須另行申請。
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在「自由經濟示範區特別條例」通過後的示範區第二階段，由於將提供更為開放的鬆綁措施及租稅優惠，將由各示範區管理機關的中央主管機關會同經濟部訂定進駐資格的相關辦法，業者須依該辦法向管理機關提出進駐申請，經審查通過後方可成為示範事業。
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以下分別就自由貿易港區及屏東農業生技園區之申請進駐資訊，說明如次：
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(一)
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自由貿易港區
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1.
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依據「自由貿易港區事業營運管理辦法」第4條規定，業者應備齊營運計畫書、貨物控管、通關及帳務處理等相關文件，向港區管理機關（空港為民航局、海港為航港局）提出籌設許可，通過後再提出營運許可。
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2.
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審核機制則依該辦法第5條及第9條規定，由港區管理機關會同農委會等相關單位組成審查小組，進行文件審核及現場會勘，申請作業流程(詳流程圖)。
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3.
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申請進駐桃園航空自由貿易港區應向交通部民用航空局提出，申辦表單請至交通部民航局網站下載，網址：www.caa.gov.tw。
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4.
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申請進駐海港自由貿易港區應向交通部航港局所轄各航務中心提出，申辦表單請至交通部航港局網站下載，網址：www.motcmpb.gov.tw。
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